Δέλτα έναντι εμβολίου. Ποια στελέχη προκάλεσαν την άνοδο του τρίτου κύματος του COVID-19

Γιατρός εξετάζει για covid-19 - RIA Novosti, 1920, 19.07.2021 © Depositphotos / angellodeco ΜΟΣΧΑ, 19 Ιουλίου - RIA Novosti, Tatiana Pichugina. Τέσσερα στελέχη του κοροναϊού SARS-CoV-2 κυριαρχούν τώρα στον κόσμο: άλφα, βήτα, γάμμα και δέλτα. Το τελευταίο έχει αποδειχθεί ότι είναι το πιο μεταδοτικό λόγω διαφόρων μεταλλάξεων και έχει προκαλέσει την εμφάνιση ενός νέου κύματος COVID-19. Ταυτόχρονα, οι επιστήμονες παρακολουθούν και άλλες παραλλαγές του παθογόνου. Το πώς εξελίσσεται και πως παρακολουθείται είναι στο ρεπορτάζ του RIA Novosti.

Ποια είναι η παραλλαγή και το στέλεχος του κορωναϊού Οι έννοιες αυτές αφορούν το γονιδίωμα του ιού. Ο SARS-CoV-2, που προκαλεί το COVID-19, διαθέτει γενετικό μηχανισμό με τη μορφή RNA - ένα μακρύ μόριο τεσσάρων νουκλεοτιδίων. Κωδικοποιεί πληροφορίες σχετικά με τις πρωτεΐνες και την επιβίωση του παθογόνου. Οι ιοί μπορούν να αναπαραχθούν μόνο μέσα σε ένα ζωντανό κύτταρο χρησιμοποιώντας τους πόρους του κυττάρου. Για να γίνει αυτό, πρέπει να διπλασιάσουν το RNA. Πρόκειται για μια πολύπλοκη διαδικασία πολλαπλών βημάτων κατά την οποία συμβαίνουν σφάλματα. Οι πιο χαρακτηριστικές είναι οι νουκλεοτιδικές αναδιατάξεις, αντικαθιστώντας το ένα με το άλλο. Αυτό ονομάζεται σημειακή μετάλλαξη. Κατά τον διπλασιασμό του RNA, μικρές αλληλουχίες μπορεί να χαθούν ή, αντίθετα, να εισαχθούν. Ο ιός προσπαθεί να διορθώσει τις αποτυχίες αντιγραφής, αλλά δεν είναι πάντα επιτυχής. Εάν η μετάλλαξη δίνει στο παθογόνο κάποιο ζωτικό πλεονέκτημα, μπορεί να επικρατήσει. Σε αντίθεση με τους κυτταρικούς οργανισμούς, οι ιοί έχουν πολύ μικρό γονιδίωμα. Αυτό εξηγεί την ταχεία εξέλιξή του. Ο ιός μεταλλάσσεται συνεχώς. Παρόλο που ο SARS-CoV-2 δεν είναι σε καμία περίπτωση πρωταθλητής από αυτή την άποψη, μεταλλάσσεται κατά μέσο όρο μία ή δύο φορές το μήνα. Οι μεταλλαγμένοι ιοί ονομάζονται παραλλαγές. Εάν μια μετάλλαξη έχει συμβεί σε σημαντικό τμήμα του γονιδιώματος ή έχουν συσσωρευτεί αρκετές αλλαγές, αυτό μπορεί να επηρεάσει σημαντικά τις φυσικές ιδιότητες του μολυσματικού παράγοντα. Μια τέτοια παραλλαγή ονομάζεται στέλεχος.

Εμφάνιση μιας παραλλαγής του ιού - RIA Novosti, 1920, 16.07.2021 © Εικονογράφηση από το RIA Novosti Γιατί είναι σημαντικό να εντοπιστούν νέες παραλλαγές του SARS-CoV-2 Οι περισσότερες μεταλλάξεις στο γονιδίωμα του ιού είναι η αντικατάσταση ενός νουκλεοτιδίου από ένα άλλο. Τις περισσότερες φορές δεν σημαίνουν τίποτα και δεν επηρεάζουν τίποτα. Ωστόσο, υπάρχουν περιοχές στο γονιδίωμα όπου οι αλλαγές οδηγούν σε πιο επικίνδυνα στελέχη. Για τον SARS-CoV-2, αυτό είναι το γονίδιο που κωδικοποιεί την επιφανειακή πρωτεΐνη, γνωστή και ως S-πρωτεΐνη, μια πρωτεΐνη ακίδας. Η πρωτεΐνη ακίδας βοηθά τον ιό να εισέλθει στο κύτταρο. Μολυσμένοι με το στέλεχος που εμφανίστηκε στο Wuhan, μόλυναν κατά μέσο όρο 1,5 άτομα, το πολύ δύο. Ωστόσο, οι επιστήμονες γνώριζαν την πιθανότητα μεταλλάξεων προς την κατεύθυνση της μεγαλύτερης μολυσματικότητας, γι' αυτό και παρακολουθούσαν όλες τις αλλαγές στο γονίδιο της S-πρωτεΐνης. Ιδιαίτερα σημαντική είναι η περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα της πρωτεΐνης spike, μια περιοχή που προσκολλάται στην κυτταρική μεμβράνη. Το περασμένο φθινόπωρο, εντοπίστηκε εκεί μια μετάλλαξη - αντικατάσταση του νουκλεοτιδίου ασπαραγίνης με τυροσίνη στη θέση 501 (N501Y). Αργότερα βρέθηκε σε δείγματα από τη Νότια Αφρική και τη Βραζιλία. Αυτές οι παραλλαγές διαδίδονται ευρέως στις περιοχές τους. Ορισμένες έγιναν κυρίαρχες σε διάφορα μέρη του κόσμου. Για παράδειγμα, το άλφα (πρώην βρετανικό) ή η διάσημη παραλλαγή δέλτα. Ονομάζονται στελέχη για να τονιστούν οι ιδιαίτερες ιδιότητές τους, αλλά ο όρος παραλλαγή εμφανίζεται στα επίσημα έγγραφα. Είναι πιο μεταδοτικοί και το στέλεχος δέλτα έχει επίσης αλλάξει το πρότυπο της νόσου. Γνωρίζοντας ποιες παραλλαγές εξαπλώνονται και κυριαρχούν σε έναν πληθυσμό, οι επιδημιολογικές υπηρεσίες μπορούν να προβλέψουν την εξέλιξη μιας πανδημίας και να λάβουν προληπτικά μέτρα μέχρι και αποκλεισμό. Αυτό συνέβη σε ορισμένες πόλεις της Αυστραλίας, όπου, παρά την πλήρη απομόνωση της ηπείρου από τον έξω κόσμο, το στέλεχος του δέλτα έχει εισχωρήσει.

© Infographics . RIA Novosti Πώς ένας κορωνοϊός συνδέεται με ένα ανθρώπινο κύτταρο

Πώς παρακολουθείται η εξέλιξη του κορωνοϊού Λαμβάνονται δείγματα βλεννογόνου από ασθενείς και αποκρυπτογραφείται το γονιδίωμα του παθογόνου. Οι πληροφορίες αυτές μεταφορτώνονται σε κοινές βάσεις δεδομένων και συγκρίνονται. Το GISAID, για παράδειγμα, διαθέτει περισσότερα από δύο εκατομμύρια γονιδιώματα κοροναϊών από όλο τον κόσμο. Υπάρχει ένας ανιχνευτής που απεικονίζει ποια παραλλαγή έχει εντοπιστεί σε ποια χώρα. Ένα εξελικτικό δέντρο του κοροναϊού παρουσιάζεται στο έργο ανοικτού κώδικα Nextstrain. Οι δέκα παραλλαγές που ενδιαφέρουν περισσότερο τους επιστήμονες εμφανίζονται με διαφορετικά χρώματα. Ο δικτυακός τόπος CoVariants χρησιμοποιεί δεδομένα GISAID για να δείξει ποιες μεταλλάξεις διακρίνουν το γονιδίωμα μιας συγκεκριμένης παραλλαγής. Για παράδειγμα, η παραλλαγή delta έχει τέσσερις σημαντικές μεταλλάξεις στην πρωτεΐνη spike και δύο διαγραφές.

CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ / Κυριαρχία των στελεχών SARS-CoV-2 στη Ρωσία από τον Μάιο του 2020. Το γράφημα δείχνει την παραλλαγή δέλτα (πράσινο) που εκτοπίζει την άλφα (μπλε) Πού πήγε η πρώτη παραλλαγή του ιού από το Wuhan Κινέζοι επιστήμονες αποκωδικοποίησαν το γονιδίωμα του SARS-CoV-2 τον Δεκέμβριο του 2020 και το παρουσίασαν στην επιστημονική κοινότητα. Μεταγενέστερες αποκρυπτογραφήσεις έδειξαν ότι ο ιός εξελίσσεται, δημιουργώντας γενεαλογικές γραμμές και αδιέξοδους κλάδους που αργότερα πεθαίνουν. Όλες οι υπάρχουσες παραλλαγές του κοροναϊού σήμερα είναι απόγονοι του ιού Wuhan. Ποιες νέες, πιο μολυσματικές παραλλαγές του SARS-CoV-2 έχουν εμφανιστεί Ο ΠΟΥ έχει ταξινομήσει τέσσερις παραλλαγές ως εξαιρετικά μολυσματικές: άλφα, βήτα, γάμμα και δέλτα. Το Beta εντοπίστηκε για πρώτη φορά στη Νότια Αφρική. Διαπιστώθηκε ότι ήταν κατά 50 τοις εκατό πιο μολυσματικό. Επιπλέον, η παραλλαγή είχε σημαντικό αντίκτυπο στην αποτελεσματικότητα του εμβολίου φορέα της AstraZeneca, για το οποίο η δοκιμή διακόπηκε και το υπόλοιπο πωλήθηκε σε άλλες αφρικανικές χώρες. Το Beta κυκλοφορεί τώρα σε 123 χώρες. Το στέλεχος δέλτα απασχολεί περισσότερο τους επιστήμονες. Ανακαλύφθηκε πέρυσι στην Ινδία. Την άνοιξη, προκάλεσε μεγάλη επιδημία του COVID-19 στη χώρα αυτή, παρόλο που η επιδημία είχε προηγουμένως περιοριστεί εκεί. Ο ιός εξαπλώθηκε γρήγορα σε άλλα μέρη του κόσμου. Στο Ηνωμένο Βασίλειο, έγινε κυρίαρχη και εκτόπισε την παραλλαγή άλφα. Στη Ρωσία, τα τελευταία στοιχεία δείχνουν ότι πάνω από το 70% των μολυσμένων έχουν δέλτα. Αυτό το στέλεχος προκαλεί ελαφρώς διαφορετικά συμπτώματα. Συχνά δεν υπάρχει απώλεια όσφρησης ή βήχας, αλλά διάρροια και κοιλιακό άλγος. Οι μολυσμένοι έχουν διπλάσιο κίνδυνο νοσηλείας. Οι γιατροί έχουν παρατηρήσει αύξηση της επίπτωσης μεταξύ των νέων και των παιδιών, αλλά δεν είναι ακόμη σαφές αν αυτό οφείλεται στις ιδιαιτερότητες του δέλτα. Το Delta plus, που εντοπίστηκε τον περασμένο Ιούνιο στο Νεπάλ, ανήκει επίσης στην κατηγορία των απειλητικών ειδών. Έχει πέντε μεταλλάξεις στην πρωτεΐνη spike που καθιστούν τον ιό πολύ επικίνδυνο.

Στελέχη του κοροναϊού - RIA Novosti, 1920, 16.07.2021 © Εικονογράφηση από το RIA Novosti Ποιες άλλες παραλλαγές του κορωνοϊού παρακολουθούνται από τους επιστήμονες Υπάρχουν άλλες τέσσερις παραλλαγές του SARS-CoV-2 στον κατάλογο ενδιαφέροντος του ΠΟΥ, αλλά μέχρι στιγμής δεν υπάρχει λόγος να πιστεύουμε ότι είναι πιο επικίνδυνες. Η Iota, για παράδειγμα, εντοπίστηκε τον περασμένο Μάρτιο στη Νέα Υόρκη και εξαπλώθηκε 35 τοις εκατό ταχύτερα. Ανταγωνιζόμενος με επιτυχία την άλφα για κάποιο χρονικό διάστημα, οι επιστήμονες υπέθεσαν ότι όταν συνδυάζεται με τη μετάλλαξη E484K στην πρωτεΐνη spike, η οποία τη βοηθά να αποφεύγει τα αντισώματα, θα ήταν επικίνδυνη. Ο ΠΟΥ του έδωσε καθεστώς απειλής. Όμως οι προβλέψεις αυτές δεν επαληθεύτηκαν και τώρα απλώς παρακολουθείται. Υπάρχει ένα ρωσικό μονοπάτι στη λίστα για να το παρακολουθεί επίσης. Πρόκειται για μια παραλλαγή, με κωδικό AT.1, η οποία εμφανίστηκε τον Ιανουάριο. Έχει ονομαστεί ως βορειοδυτική. Είναι τα εμβόλια αποτελεσματικά κατά των νέων παραλλαγών του κοροναϊού; Αυτό είναι το πιο καυτό ερώτημα σε όλο τον κόσμο. Όλα τα εμβόλια βασίζονται στο στέλεχος Uhanyi και είτε περιέχουν ολόκληρο τον θανατωμένο ιό (CoviVac, Sinopharm) είτε ένα μόνο γονίδιο που κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη spike (Satellite V, AstraZeneca, Janssen), είτε, όπως τα εμβόλια Pfizer και Moderna, μιμούνται τη σύνθεση της πρωτεΐνης spike στα κύτταρα. Οι κλινικές δοκιμές έλαβαν χώρα όταν στον κόσμο κυριαρχούσαν οι άμεσοι απόγονοι του στελέχους Wuhan, καθώς και το στέλεχος άλφα στο Ηνωμένο Βασίλειο. Η επίσημη προστατευτική αποτελεσματικότητα υπολογίστηκε κυρίως γι' αυτά. Οι παραλλαγές που κυκλοφορούν τώρα περιέχουν διάφορες μεταλλάξεις στην πρωτεΐνη spike. Με απλά λόγια, πρόκειται για ένα αντιγόνο ελαφρώς διαφορετικό από αυτό για το οποίο έχουν σχεδιαστεί τα εμβόλια, οπότε τίθεται το ερώτημα αν το φάσμα των αντισωμάτων που παράγουν θα είναι αρκετό για να καλύψει τις νέες παραλλαγές. Δεν υπάρχει άμεσος τρόπος αξιολόγησης της αποτελεσματικότητας των εμβολίων, παρά μόνο έμμεσοι. Μία από αυτές είναι να παρακολουθείται ο τρόπος με τον οποίο μεταβάλλεται ο αριθμός των νέων λοιμώξεων και των εισαγωγών στα νοσοκομεία. Είναι βολικό να πάρουμε ως παράδειγμα το Ηνωμένο Βασίλειο, όπου σχεδόν το 88% των ενηλίκων έχει λάβει μία δόση του εμβολίου και το 67% έχει λάβει δεύτερη δόση. Η παραλλαγή δέλτα κυριαρχεί στη χώρα. Σύμφωνα με τα επίσημα στατιστικά στοιχεία, η νοσηρότητα αυξήθηκε κατά περισσότερο από το ένα τρίτο την τελευταία εβδομάδα, με τις εισαγωγές στα νοσοκομεία να έχουν αυξηθεί κατά 46,8%. Τα διαγράμματα υποδηλώνουν μια αυξανόμενη παλίρροια της επιδημίας, η οποία αναπόφευκτα περιλαμβάνει και όσους έχουν εμβολιαστεί. Υπάρχει ακόμη και ειδικός όρος γι' αυτό - ο "ανιχνευτής εμβολίου". Ωστόσο, και αυτό αποδεικνύεται από πολλές μελέτες, όσοι έχουν εμβολιαστεί αρρωσταίνουν λιγότερο συχνά και κυρίως εύκολα. Ο Βλαντιμίρ Ουίμπα, κυβερνήτης της Δημοκρατίας Κόμι, παραθέτει το εξής στατιστικό στοιχείο: μόνο το 0,1% των εμβολιασμένων νοσηλεύεται, ενώ το υπόλοιπο 99,9% είναι ανεμβολίαστοι. Ένας άλλος έμμεσος τρόπος αξιολόγησης είναι τα εργαστηριακά πειράματα. Οι επιστήμονες δημιουργούν έναν ψευδοϊό με πρωτεΐνη covid, προσθέτοντας τη μία μετάλλαξη μετά την άλλη στο γονιδίωμά του, μιμούμενοι την υπό μελέτη παραλλαγή. Στη συνέχεια, τον αναμειγνύουν με τον ορό πλήρως εμβολιασμένων ατόμων και τον ρίχνουν σε μια ανθρώπινη κυτταρική γραμμή ευαίσθητη στον κοροναϊό. Μετά από μερικές ημέρες, τα μολυσμένα κύτταρα καταμετρώνται. Οι ερευνητές του Κέντρου Gamaleya διεξήγαγαν ένα τέτοιο πείραμα με τα τέσσερα πιο επικίνδυνα στελέχη και έδειξαν ότι ο ορός όσων εμβολιάστηκαν με το Sputnik V εξακολουθούσε να είναι αποτελεσματικός. Οι συγγραφείς παρατήρησαν μόνο μια μικρή μείωση έναντι των παραλλαγών βήτα και δέλτα. Περαιτέρω επιτήρηση και επιδημιολογικές μελέτες θα συνεχιστούν.

https://ria.ru/20210719/kovid-1741604939.html